直接对福尔马林固定、石蜡包埋组织（FFPE）中的DNA进行全基因组扩增

Features

直接从石蜡切片中进行全基因组扩增

对FFPE组织中的DNA进行全基因组扩增

可扩展的标准化DNA产量：每个组织切片可达40 µg

简单快速的操作，快速获取结果

Product Details

如果基因组DNA量不足以进行基因组分析，这一问题可通过对样本内全基因组DNA扩增解决。REPLI-g FFPE Kit包含DNA聚合酶、新型缓冲液和试剂，确保对福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织进行高效的全基因组扩增，无需预先纯化DNA。组织切片裂解后，对DNA进行处理后进行DNA片段连接，然后使用REPLI-g技术扩增长链DNA。

Performance

提供两种实验方案，扩增时间不同。标准2小时扩增反应方案，每50 µl反应体系的常规产量为10 µg，高产量反应（8小时扩增）可得到40 µg产物。

Principle

用于基因分型研究的基因组DNA量通常不足。全基因组扩增（WGA）通过在样本内扩增全基因组，克服了这个难题，可扩增获得足量的来源于同一样本的DNA用于后续分析。

对福尔马林固定、石蜡包埋的组织样本（FFPE）进行基因分型，可将组织的形态变化直接与特定基因组变异联系起来。但是，福尔马林固定会导致DNA片段化，并与样本内的其他生物分子发生交联。此外，从FFPE样本中纯化得到的DNA量较少，只能用于少数几个分析。

REPLI-g FFPE Kit利用新型的DNA处理技术，将DNA片段连接起来。然后通过经验证的REPLI-g技术对随机连接起来的DNA进行全基因组扩增。REPLI-g产品应与MDA以及独特的DNA聚合酶结合使用。REPLI-g DNA Polymerase凭借其活跃的进行性酶反应和单链置换反应，可很大程度上减少序列偏差和不均一位点的出现。该方法得到的结果比基于PCR的WGA方法更加可靠。新型的DNA处理技术可将MDA技术充分利用在FFPE组织样本中高度降解的DNA上。REPLI-g FFPE Kit在位点不变化的同时，实现对珍贵样本材料中DNA的扩增，产物可用于多种下游应用。

Procedure

REPLI-g FFPE可使用FFPE组织样本直接进行DNA扩增，无需预先纯化DNA。裂解组织切片后，使用新型缓冲液和酶处理DNA，将片段化的DNA连接起来。反应后生成DNA长链，长链经REPLI-g技术扩增。扩增得到的DNA可即用于多数基因分型下游应用，无需进行纯化。

使用REPLI-g FFPE Kit扩增得到的DNA适用于real-time PCR（如使用QuantiFast Kits）和终点式PCR（如使用QIAGEN Fast Cycling PCR Kit）。PCR扩增子应比起始模板的平均片段长度短。还适用于微卫星分析和SNP基因分型（REPLI-g FFPE扩增得到的DNA可能不适用于需要限制性内切进行DNA标记的基因分型应用）。

Applications

REPLI-g FFPE扩增的DNA适合以下应用：

Real-time PCR

终点式PCR

SNP基因分型

微卫星分析 

Supporting data and figures

REPLI-g FFPE procedure.

Formalin fixation and paraffin embedding cause DNA fragmentation. During the REPLI-g FFPE procedure, these DNA fragments are randomly ligated and then amplified using multiple displacement amplification. As indicated, DNA fragments (containing different loci [L1–L4]) are not assembled in the original order. However, the different loci are equally amplified and can be detected in downstream genotyping applications.

Specifications

Features                                         Specifications

Yield                                         10 µg (2h reaction)-40 µg (8h reaction)

Quality assessment                         No

Starting material                         FFPE tissue sections or purified genomic DNA

Technology                                 MDA

Maximum input volume                 1 tissue section (10-40 µm thickness)

Reaction time                                 2-8h (2h: standard; 8h: high-yield reaction)

Reaction volume                         50 µl

Starting amount of DNA                100-300 ng*

Applications                                Genotyping, PCR, Real-time PCR

Samples per run (throughput)medium

Amplification                                Whole genomic DNA